7.4 数据概览 EMP_summary

模块EMP_summary可以快速对MAE对象和EMP对象进行概览可视化。概览可视化分为以下三个部分：

• Data dimention： Sample指当前组学项目内实验数据的样本数目，Feature指当前组学项目内的特征数目。

• Data information: Sample_attr指当前组学项目内样本相关数据的分类数目，Feature_atrr指当前组学项目内特征相关数据的分类数目。例如，组学项目taxonomy的Feature_atrr为8，代表特征注释包括了界门纲目科属种株 8个级别。

• Data miss: Assay_status,Sample_status和Feature_status分别指当前组学项目的实验数据、样本相关数据和特征相关数据中是否存在缺失值。

7.4.1 MAE对象的概览可视化

data(MAE)
MAE |> EMP_summary()

7.4.2 EMP对象的概览可视化

k1 <- MAE |>
  EMP_assay_extract('taxonomy') |>
  EMP_collapse(estimate_group = 'Genus',collapse_by = 'row') |>
  EMP_diff_analysis(method='DESeq2', .formula = ~Group) |>
  EMP_filter(feature_condition = pvalue<0.05)

k2 <- MAE |>
  EMP_collapse(experiment = 'untarget_metabol',na_string=c('NA','null','','-'),
               estimate_group = 'MS2kegg',method = 'sum',collapse_by = 'row') |>
  EMP_diff_analysis(method='DESeq2', .formula = ~Group) |>
  EMP_filter(feature_condition = pvalue<0.05 & abs(fold_change) > 1.5)

(k1 + k2) |> EMP_summary()